（一）研究对象方面，我国教育生态研究缺乏学校生态研究，缺乏纵向动态研究，特别缺乏学校层面的纵向动态研究
我国现阶段教育生态研究在研究对象方面的数量结构是“哑铃形”的。宏观教育生态研究和微观课堂生态研究数量相当多，构成“哑铃”的两头，中观学校生态研究数量相当少，构成“哑铃”的“细柄”。
同时，我国各层面教育生态研究以“横切面”为主要研究对象。比如教育生态系统的结构与功能、生态课堂的定义与特征等，都属于“横切面”研究。仅有的若干动态研究，比如协同变化研究和生态演替研究，也局限于生态系统层面。
因此，从研究对象而言，我国教育生态研究的后继着力点是中观层面和微观层面的纵向动态研究。课堂教学如何动态展开？又怎样变革？学校教师如何发展？教师团队如何变革？学校怎么变革？诸如此类问题都是我国后继教育生态研究需要着力之处。特别是，当我们处在一个以“变革”为主旋律的社会生态环境，而且学校教育系统也被要求不断适应外部社会生态环境变革而不断变革，这类研究主题就格外重要。
（二）研究水平方面，我国教育生态研究的跨学科整合水平还比较低，生态学成分在教育生态研究成果中经常过多，过少或过旧
教育生态研究成果内生态学成分过多，教育生态研究就容易成为生态学研究结果在教育领域的简单演绎和生搬硬套。教育生态研究成果内生态学成分过少，研究成果又难以体现跨学科研究特色。过多和过少是我国近年来教育生态研究经常出现的问题。同时存在的问题还有过旧。例如，德国化学家利比希（Ｊ．Ｖ．Ｌｉｅｂｉｇ）的“最小法则”，提出不久已经遭到了诸多置疑。但是，它竟作为一个“定律”赫然现身于我国２００６年的课堂生态研究。再如，我们动辄将课堂视为一个“生态系统”，追求课堂生态系统的“生态平衡”。其实，“生态系统”是谭斯雷（Ｔａｎｓｌｅｙ）在１９３５年提出的。新近的生态学研究已经超越生态系统生态学。自然生态学领域，生态学向宏观方面发展有景观生态学和全球生态学，向微观方面发展有细胞生态学和组织生态学等诸多学科。同时，“生态平衡”，尽管是生态学持续时间最久，影响面最大的研究范式，但是现在也已经遭到挑战。“多平衡范式”、“非平衡范式”和“等级缀块动态范式”都是得到实证数据证实的生态学发展新范式。
（三）研究方式方面，生态学作为价值取向和作为研究视角两个维度之间的整合程度还有待提升
课堂生态研究中的“生态成分”应该体现于价值取向，还是研究视角？这其实是一个假问题。因为研究视角作为我们认识世界的一种工具，并非“价值无涉”，而总是带有或显或隐、性质各异的价值取向。同时，任何一种价值取向，总是倾向于选择与其本身适配的研究视角作为认识世界的工具，排斥那些与其不适配的研究视角。
那么，为什么我国部分课堂生态研究者主张将“生态”作为一种研究视角呢？这主要是源自我国课堂生态的价值研究的“泛化”。概念泛化只会造成混乱。正是不愿意看到这种混乱，部分研究者坚持“生态研究”定位于研究视角。但“因噎废食”并非解决之道。生态学之所以能够变成现在的“显学”，很大程度是因为关注人与自然的整体价值和长远价值。不过，由于课堂生态系统与自然生态系统存在性质差异，如何将生态学（特别是社会生态学）在研究自然生态系统时坚守的价值观创造性地转化为课堂生态研究的价值观，是需要研究者深思的。（《当代教育科学》２００８年第１９期王加强梁元星 文）