21世纪是知识经济时代，是中国社会主义市场经济走向成熟的重要历史时期。为适应21世纪社会、经济和人自身发展的需要，中国的高等教育正从过去适应计划经济的旧体制迈向适应社会主义市场经济的新体制。中国的高等教育在理念、体制、管理模式等方面必将发生深刻变革，高等教育在我国现代化建设中的地位也越来越重要。高等教育改革的实践呼吁高等教育改革的理论创新。
1983年，南开大学为适应开展中国高等教育研究的需要，针对高等教育体制改革中出现的新情况、新问题开展系统研究，成立了高等教育研究室，在校长直接领导下开展工作。1998年12月，南开大学领导集体强调指出：高等教育研究是现代高等教育改革和发展的重要基础和动力，学校鼓励对21世纪中国和世界高等教育学进行深入研究，将教育教学研究成果作为学校对各院、系教学评价的指标之一，并决定在原高等教育研究室基础上成立高等教育研究所。
2000年9月，学校在实行学院制、深化校内机构改革中，为建设高水平大学，尽快恢复和重建南开的教育学科，将高等教育研究所从学校本部行政单位中分离出来，建成以教育科学研究与人才培养为主，同时为学校改革与发展服务的学院级学术研究机构。
南开大学具有优良的办学传统，出现过很多著名的教育家，拥有自己的办校风格和有特色的教育思想及教育方法。早在20世纪20年代，南开大学就创立了教育学科，但于1952年院校调整时被取消。南开大学是国内外著名的综合性大学，高等教育研究所将发挥我校综合学科实力强的优势，发展南开教育学科，与我校各优势学科相结合，开展高等教育思想理论、高等教育经济学、高等教育史学、发展高等教育学、国际高等教育比较、高等教育心理学、教育经济与管理等方面的研究，以形成南开高等教育学研究特色。
2000年，高等教育研究所获得高等教育学硕士学位授予权。2003年，获得教育学一级学科硕士学位授予权，设立了高等教育学、教育经济与管理和教育学原理三个硕士点。2004年，在社会学专业博士点开设了教育社会学研究方向。2011年，在公共管理一级学科下设置了教育经济与管理博士点。在高等教育发展的新时期，高等教育研究所将以现有硕士、博士点为基础，培养高等教育学和公共管理学高级专门人才，争取通过“十二五”期间或更长一段时间，把高等教育研究所建成我国高等教育学领域的重要人才培养基地。
高等教育研究所有一支阵容整齐、结构合理、学术水平高、锐意创新的师资队伍。所内15名教师均具有博士学位，有教授5人，副教授8人。至2012年，共发表学术论文139篇，其中CSSCI核心期刊论文80篇，出版专著16部，主编或参编著作5部，编写教材3部。科研立项共23项，其中，国家社科基金重点项目1项，教育部哲学社科研究重大课题攻关项目1项，教育部人文社科重点研究基地重大项目1项，国家社科类课题3项，教育部课题9项，中央高校专项基金课题4项，天津市课题3项，国际合作项目1项。
在开展高等教育理论研究的基础上，为高等教育理论转化为教学实际，将高等教育改革的经验提升为理论成果，推进高等教育改革经验的交流，对改革中的热点问题进行深入研究，以切实推动教育教学改革，为我校及全国的高教改革与发展服务，学校于1986年创办《南开教育论丛》学术季刊，现为高等教育研究所主办。
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