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一、关于“五育”并举的教育方针
蔡元培在德国留学时，深受康德哲学思想的影响，将世界划分为现象世界和实体世界两个方面。他认为现象世界是相对的，可以经验的，属政治范围；而实体世界是绝对的，是超越于经验之外的，是超政治的。但两者又不是相脱离的，而是紧密结合的，联合两个世界的就是教育。教育的最终目的在于追求实体世界的最高精神境界，追求现象世界的幸福也是为了这一目的。
从这一理论基础出发，他认为“教育有两大别：曰隶属于政治者，曰超轶乎政治者。”前者有军国民教育、实利主义教育、公民道德教育，分别相当于体育、智育和德育；后者有世界观教育。前者以追求现世幸福为目的，后者以追求实体世界的最高境界为目的。而美育则是联系二者的纽带。
蔡元培认为，五育是相互联系的一个整体，其中，公民道德教育为中坚，世界观及美育是完成道德的手段，而军国民教育及实利主义，则必以道德为根本。总之，“五育”并举的教育，就是德智体美和谐发展的教育。应该说，这是符合当时历史发展的要求的，是对封建教育及半殖民地半封建教育宗旨的否定，在教育思想史上也是一个巨大的进步。从人才培养看，这几方面的教育，也符合人的全面发展的教育规律。
二、改革北大及其高等教育思想
（1）整顿校风，改变学生观念（关于大学性质问题）
北大学生，是从京师大学堂（1912年改为北大）“老爷”式的学生继续下来的，官僚积习很深，当时学生入学，仍抱科举时代思想，以大学为取得官吏资格升官发财的阶梯，对学问则无兴趣，上课瞌睡，或看杂书。1916年底， 蔡元培就任北京大学校长之前，先作了一番调查研究，认为整顿北大的办法，第一是改变学生的观念。
（2）整顿教师队伍，广招人才（体现其“思想自由”“兼容并包”的办学原则）
蔡赴校之前，校政腐败，教员缺少学术研究的气息，基于此，他以“循思想自由原则，取兼容并包主义”为方针。一是体现于对待学术，二是体现在对待教员两方面。蔡元培主张学术自由、言论自由、思想自由，故他在延聘新教员时，只问学识不问派别、资格、年龄、国籍。他认为学术上的派别是相对的，每一种派别，只要言之有理、持之有故，就应让他们并存。这能使学生能够广泛接触教员中不同学派的观点，兼听则明，启发思路，令其有自由选择的余地。当然也不是无所不包，比如宗教，他就不允许教员在课堂上宣讲，他主张网罗众家、兼容各派人物，但绝不容不称职的教员，对于学术水平低者，不论中外教员，一律裁减。
（3）改革管理体制，提倡教授治校
北大改革前，体制比较混乱，各学科各自为政。蔡元培主张学习德国大学的管理方法，组成健
（4）改革教学体制
他主张废除年级制，仿效美国学校之法，实行先科制。他认为：大学采用年级制，就与小学校无异，使成绩好者无法进步，而留级者每因数门学科不及格，须全部修习，兴趣全无，严重压抑了学生的积极性。选科制“比现行年级制、划一制可以发展个性。”他说：“知教育者，与其守成法，毋宁尚自然；与其求划一，毋宁展个性。”可见选科制的实行与蔡这一思想相关。他还认为：选科制是新教育发展的必然趋势，平等并不是消灭个性，有特长者不可强屈之以普通。
（5）改革高校办学体制——论学与术
在蔡元培看来，学与术，实为两个名词，应有所区别，即基础理论与应用学科应有区别。学为学理，术为应用。文、理科是学，法、商、医、工、农皆为应用，属于术。学与术虽然关系密切，“学为基本，术为支干”。
在北大学科设置上，他将文、理、法、商、工等多科，改为文、理、法三科。商归入法科，工科并入北洋大学。后又相继成立研究所。1919年，废科设系，共11个系，要求文理兼习，学文科的兼习理科，学理兼习文科。
蔡元培主张学术分校，大学专设文、理二科，在当时还有反对“重术而轻学”风气的积极作用。蔡元培不仅主张文、理科与应用学科分别设置，而且还主张沟通文、理科。
三、论教育独立
1922年3月，蔡元培发表《教育独立议》，提出了教育应当完全交给教育家，保有独立的资格，毫不受各政党与教会的影响，教育为什么要独立呢？第一，他认为，教育是发展人的能力，完成其人格，不是将他造成一种特别器具，给抱有别种目的的人去应用，所以教育应超然于政党和宗教之外。第二，教育的成效不是一时能达到的，政党不能常握政权，往往不出数年，便要更迭，若把教育权交给政党，两党更迭的时候，教育方针也要跟着改变，教育就没有成效了。第三，教育是进步的，凡有学术，总是后胜于前，而教会是保守的，故教育要超然于各派教会。
蔡元培认为，教育独立的内涵应该包括：第一，经费独立，要求政府划出某项固定收入，专作教育经费，不能移用。第二，教育行政独立，要求各省设立专管教育的司，不能附设于政府部门之下，由懂得教育的人充任，教育总长不能因政局而变动。第三，教育思想独立，要执行一定的方针。第四，教育内容独立，能自由编辑、自由出版、自由采用教科书。第五，以传教为主的人，不得参与教育事业。
蔡元培提出教育独立的思想，主张教育脱离政党、教会而独立，要求把教育交给教育家办理，在当时是具有积极意义的，它反映了中国资产阶级要求摆脱军阀政府对教育的控制，反对西方教会文化“渗入教育”，在中国独立、自由地发展教育事业的强烈愿望和要求。无疑，在当时具有反帝反封建的进步意义。
蔡元培提出教育独立的思想，主张教育脱离政党、教会而独立，要求把教育交给教育家办理，在当时是具有积极意义的，它反映了中国资产阶级要求摆脱军阀政府对教育的控制，反对西方教会文化“渗入教育”，在中国独立、自由地发展教育事业的强烈愿望和要求。无疑，在当时具有反帝反封建的进步意义。
然而，作为一种教育思想，主张教育脱离政治，在理论上是不正确的，在实践上也是行不通的。
总之，蔡元培的教育思想和实践，要旨在于以资产阶级教育代替封建教育。在他的教育思想中，充满了爱国主义的激情与民主、科学的思想，在近代反对帝国主义文化教育侵略、反对封建专制主义教育的斗争中起了重大的作用。如果说，康有为、梁启超是19世纪末中国近代资本主义教育的倡导者，那么，蔡元培就是20世纪中国资本主义教育体制的缔造者。在他的教育思想中，从教育方针、学校教育制度到教学体制和措施，特别是他的高等教育思想，有许多积极和合理的因素。从他开始，并由于他的努力，逐步形成了较为完整的资产阶级民主教育制度，使中国教育进入了一个新的历史时期。
